奥羽越公議府において評議された戦略は、「白河処置」、「庄内処置」、「北越処置」及び「総括」であり、全23項目にのぼる。主に次のような内容で構成される。
白河以北に薩長軍を入れない、主に会津が担当し仙台・二本松も出動する
庄内方面の薩長軍は米沢が排除する
北越方面は長岡・米沢・庄内が当たる
新潟港は列藩同盟の共同管理とする
薩長軍の排除後、南下し関東方面に侵攻し、江戸城を押さえる
世論を喚起して、諸外国を味方につける
このほか、プロシア領事、アメリカ公使に使者を派遣し貿易を行うことを要請している。
上野戦争から逃れ、6月6日に会津に入っていた輪王寺宮公現法親王(のちの北白川宮能久親王)を同盟の盟主に戴こうとする構想が浮上した。当初は軍事的要素も含む同盟の総裁への就任を要請されたが、結局6月16日に盟主のみの就任に決着、7月12日には白石城に入り列藩会議に出席した。
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また、輪王寺宮の「東武皇帝」への推戴も構想にあったとされるが、よくわかっていない。確かなのは輪王寺宮が会津入りする以前の4月の段階で用語などが天皇扱いされていたことだけである。当時の日本をアメリカ公使は本国に対して、「今、日本には二人の帝(ミカド)がいる。現在、北方政権のほうが優勢である。」と伝えている。
奥羽越列藩同盟は、まず列藩会議があり、その下に白河に奥羽越公議府が置かれた。その後輪王寺宮が盟主に就任し、旧幕府の閣老である板倉勝静、小笠原長行にも協力を仰ぎ、次のような組織構造が成立した。
盟主 : 輪王寺宮
総督 : 仙台藩主伊達慶邦、米沢藩主上杉斉憲
参謀 : 小笠原長行、板倉勝静
政策機関 : 奥羽越公議府(白石)
大本営 : 軍事局(福島)
最高機関 : 奥羽越列藩会議
この結果、形式的には京都新政府に対抗する権力構造が整えられたとする評価もあるが、これらが実際に機能する前に同盟が崩壊してしまったとする説もあり、奥羽越政権としての評価は定まっていない。